Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Kota Kediri berdiri pada tahun 1995 berdasarkan SK Menteri Agama RI Nomor: 515A Tahun 1995 tertanggal 25 November 1995. Madrasah ini berlokasi di Jalan Sersan Bahrun Gg. VI No. 11, Mrican, Kecamatan Mojoroto, Kota Kediri, Jawa Timur, dan berada di bawah naungan Kementerian Agama Kota Kediri. Sebelum menjadi MTsN 3 Kota Kediri, madrasah ini berawal dari PGA 4 Tahun yang berdiri pada tahun 1967 di bawah naungan Yayasan Al Anwar dan dipimpin oleh Drs. Badrus Zawawi hingga tahun 1978. Setelah itu, berubah menjadi MTsN Mrican Filial yang masih berada di Yayasan Al Anwar, dan pada tahun 1980 menjadi Filial MTsN I Kota Kediri di bawah kepemimpinan Bapak Anwar Hidayat. Tahun 1984, para siswa dipindahkan ke SD Dermo hingga akhirnya pada 25 November 1995 resmi berubah nama menjadi MTsN Mojoroto Kota Kediri.
Dari tahun 1995 hingga 2001, siswa MTsN Mojoroto masih menempati lokasi di Yayasan Al Anwar. Namun, setelah mendapatkan tanah wakaf dari masyarakat pada tahun 1992, madrasah ini kemudian membangun gedung baru dan mulai menempati lokasi sendiri di Jalan Sersan Bahrun Gg. VI No. 11 Mrican, Kota Kediri. Madrasah ini terletak di tengah-tengah pemukiman warga dengan batas wilayah: sebelah utara berbatasan dengan Desa Maron, selatan dengan Desa Gayam, barat dengan Dusun Nglaban, dan timur dengan Desa Jongbiru. Lokasi yang strategis ini membuat MTsN 3 diminati oleh masyarakat sekitar, khususnya dari radius 5 km.
Dalam perkembangannya, minat masyarakat terhadap MTsN 3 Kota Kediri terus meningkat, terlebih sejak tahun pelajaran 2016/2017 ketika nama resmi madrasah ini berubah menjadi MTsN 3 Kota Kediri. Perubahan nama ini berdampak positif terhadap peningkatan jumlah peserta didik yang tidak hanya berasal dari wilayah sekitar, tetapi juga dari berbagai penjuru Kota Kediri. Hingga Tahun Ajaran 2017/2018, jumlah siswa telah mencapai 986 orang yang terbagi dalam 26 rombel: 9 rombel kelas 7, 9 rombel kelas 8, dan 8 rombel kelas 9.